Dalam menyediakan pengalaman praktik klinik/lapangan bagi seluruh mahasiswa STIKES Pasapua Ambon. Institusi telah melakukan kegiatan kemitraan atau kerjasama dengan penyedia layanan kesehatan yang dilakukan berdasarkan nota kesepahaman (MOU), diantaranya :

1. RS Bhayangkara Ambon
2. RS. Al-Fatah Ambon
3. Rumah Sakit Umum Dr. M. Haulussy Ambon
4. Rumah Sakit Umum Daerah Dr. H. Ishak Umarella
5. Rumah Sakit Angkatan Laut (RSAL) Kota Ambon
6. Rumah Sakit Jiwa Pusat Kota Ambon
7. Rumah Sakit Khusus Bedah Bakti Rahayu
8. Panti Werda Passo

Puskesmas-puskesmas dibawah naungan Dinas Kesehatan Kota Ambon.
Intitusi berencana akan terus membina kerjasama dengan institusi kesehatan lain untuk meningkatkan pengetahuan dan keterampilan mahasiswa sesuai dengan kebutuhan kurikulum.